A gyógyszerfelhasználás optimalizálása során több célfüggvény jöhet számításba. Lehetséges, hogy a gyógyszerfelhasználás bruttó fogyasztói árát, vagy a normatív TB támogatás bruttó összegét, a beteg által fizetendő térítési díj összegét, vagy éppen valamely hatóanyag felhasználását, valamely mellékhatást kívánjuk minimalizálni.