A Nagy Ateista Könyv témákra tagolódik, annak megfelelően, hogy a világnézetekről folyó viták is többnyire egy-egy meghatározott témáról szólnak egyszerre: például az úgynevezett "ontológiai istenérvekről", vagy az evolúcióról, Isten igazságosságáról, a Biblia állítólagos beteljesült jövendöléseiről, stb. A Nagy Ateista Könyv ezen témákat veszi sorra, s e témákon belül az a módszere, hogy ismertetek egy, a fundik által használt tipikus érvet, majd ezalatt kifejtem, hogy ezen "érvre" mit célszerű válaszolnia az ateistának.
